С одной стороны использование скриптов может помочь вам достичь желаемой функциональности сайта, а так же может помочь вам создать некоторые неповторимые эффекты дизайна.
С другой стороны неразумное применение скриптов может привести к обратному эффекту, такому как снижение функциональности, отказ работоспособности некоторых системных кодов, ну и как самый худший вариант - распугать ваших пользователей.
Рассмотрим некоторые негативные явления от неразумного применения скриптов.

Блокировка по IP
Если при недолгой работе с вашим сайтом или при заходе на сайт, вы стали получать ошибку:
"Ваш IP был временно заблокирован по причине слишком высокого потока запросов.", то это означает, что у вас на сайте установлены скрипты, которые создают повышенную нагрузку на сервер. Такие скрипты обычно работают через функции $.load $.ajax $.get с обработкой параметров
динамических страниц. Запросы и обработка в подобных скриптах реализованы в виде высокочастотных запросов. Если по-русски, то такие скрипты запрашивают страницы, которые конфигурируются по запросу клиента к базе данных. Это скрипты, которые опрашивают или "вытягивают" какую либо информацию из профиля пользователя например, а потом выводят эту информацию на нужные страницы сайта, при этом запрос данных идет постоянно и с большой частотой. Скрипты проверяющие наличие личных сообщений с повышенной частотой, скрипты считывающие количество наградок пользователя и выводящие наградки на страницах форума например, опрос и вывод аватаров пользователей и прочие скрипты постоянно засылающие запросы на сервер.
Блокировка IP длится 3 часа, в течении которых вы не сможете производить никаких действий на сайте и в админке. Блокировка IP действует только в рамках определённого сайта, во время блокировки можно посещать другие сайты, которые находятся на том же сервере, что и сайт на котором произошла блокировка.
Скрипты дающие повышенную нагрузку на сервер нужно или оптимизировать, или если нет знаний - удалить с сайта. После удаления скриптов блокировки прекратятся.
Плохо написанные скрипты, грабберы, программы сканирующие ссылки на сайте (sitemap генератор например и программа для проверки битых ссылок), а так же пустой трафик автокликеров (программы по обмену трафиком по типу вебсёрферов) всё это большая и неприоритетная нагрузка на сервера, из-за которой может пойти в ущерб приоритетный трафик: такой как естественный трафик пользователей, беспрепятственное сканирование поисковыми роботами сайтов, сканирование роботами-партнерок (сапа например), и работа внутренних скриптов системы. Всё это может негативно сказаться не только на работе сервера, что в свою очередь может отразиться на работе сайтов, находящихся на одном сервере.

Конфликт кода
Чаще всего конфликт кода случается из-за несовместимости jQuery JavaScript Library
На данный момент система uCoz использует jQuery v1.3.2 и 1.6.1
Если для работы каких либо скриптов вы ставите код типа

то приготовьтесь к тому, что некоторые функции сайта у вас перестанут работать. Дело в том, что как говорилось выше система uCoz работает на jquery, который находится в u.js и подгружается до < /head>
Если у вас произошел конфликт кода, то могут перестать работать следующие функции: форма входа, отправка комментариев, аякс окна, форма добавления материала и админбар.

Вывод: подключать на сайт jQuery не нужно. Если вам недостает какого либо функционала, то можно подобрать не конфликтующие с текущей версией jQuery скрипты.

Пожалейте своих пользователей
Большая ошибка всех начинающих сайтостроителей - это неудержимое желание удивить своих пользователей чем-то необычным. В связи с этим идет хаотичный сбор скриптов обеспечивающих различные эффекты по всему интернету, ну и соответственно вставка всего собранного на сайт. В итоге сайт получается мигающе-переливающийся всеми цветами радуги с двигающимися и прыгающими объектами, при этом по экрану может сыпаться снег, дождь, листья и другие предметы, а при заходе на сайт может грянуть музыка. Такие сайтостроители как правило забывают, что пользователи идут на сайт за контентом по запросу в поисковике, а не за острыми ощущениями для себя и своего компьютера. Громада скриптов может очень долго грузиться, а некоторые скрипты, такие как падающие предметы в виде листьев, дождя и снега, могут ещё и очень хорошо загружать процессор компьютера пользователя попавшего к вам на сайт. Загрузка сайта может быть бесконечно долгой, особенно в тех случаях когда графика и некоторые элементы скриптов подгружаются со сторонних сайтов

Если ваш сайт заблокировал поисковик и выдал предупреждение о том, что ваш сайт может нанести вред компьютеру или признан мошенническим
Обычно это терминальная стадия игр со скриптами начинающих сайтостроителей.
Яндекс может пометить сайт как мошеннический и выдать табличку-предупреждение в Опере по следующим причинам:
1) Это обилие скриптов различных рекламных партнёрок на страницах сайта (особенно на главной). Скрипты партнерок по обмену траффиком с подгружением ссылок через iframe. Скрипты партнерок вставленные в вид материалов и повторяющиеся на странице множество раз. Ссылки на сайты уже заблокированные Яндексом за мошенничество

2) Код на страницах сервисов - автосерферов

Яндекс и Google может пометить сайт как наносящий вред компьютеру и выдать табличку-предупреждение в Опере и Firefox соответственно по следующим причинам:

1) На вашем сайте установлен скрипт, элемент дизайна, графика с подгрузкой с сайта, который уже заблокирован Яндексом или Google

2) У вас на сайте в коде есть агрессивный iframe, который является частью мошеннической сети, который в свою очередь перенаправляет браузер пользователя на сторонние ресурсы.

3) У вас на сайте есть javascript массив содержащий в себе тот же агрессивный iframe

По тем же самым причинам ваш антивирус и антивирусы ваших пользователей могут начать выдавать аллерты на ваш сайт. Если на вашем сайте есть код баннерообмена или обмена трафиком с плохой модерацией, то ваш антивирус и антивирусы ваших пользователей могут аллертить на ссылки и подгружаемые баннеры. При трансляции на своем сайте чужих ссылок баннерообмена и обмена трафиком вы должны быть всегда готовы к аллертам, так как всегда может попасться сайт с вредоносным кодом

Если ваш сайт помечен как вредоносный или мошеннический, или ваш антивирус начал реагировать на ваш сайт, то можете обратиться за помощью в эту тему ( "Вирусы на сайтах")

Вывод: Будьте очень разборчивы в скриптах. Устанавливайте к себе на сайт только самые необходимые скрипты, а ещё лучше скрипты, работу которых вы понимаете.