На сайтах с прикрепленным доменом в общих настройках есть настройка отображения адреса сайта с www или без www

Для правильной индексации эту настройку желательно задать сразу и больше не менять. Если вы выбрали отображение с www, то все внутренние ссылки, как и адрес сайта, будут отображаться с www, так же и ссылки в карте сайта (sitemap) и сами адреса sitemap будут отображены с www. А при вызове адреса сайта без www будет происходить редирект на адрес с www

В панели вебмастера Яндекса можно указать главное зеркало сайта: Яндекс вебмастер - Общая информация - Настройка индексирования - Главное зеркало

В панели вебмастера Google можно указать основной домен: Google вебмастер - Панель инструментов - Конфигурация сайта - Настройки - Основной домен

Если вы выбрали отображение адреса с www, то везде вы должны указать адрес сайта с www.
Тоже самое относится к настройкам отображения адреса сайта без www. Если вы выбрали эту настройку, то в вебмастерах Яндекса и Google нельзя указывать адрес c www

Если вы выбрали настройку на отображение адреса без www, а вебмастере Яндекса и Google указали адрес сайта с www или наоборот, то вы будете получать ошибки индексирования. В итоге сайт с новым доменом проиндексирован не будет

Если после начала индексации сайта с настройками отображения без www изменили настройку в панели управления сайтом и не изменили настройки и адрес сайта в панели вебмастера Яндекса и Google, то вы можете потерять индексацию, в первую очередь в Яндексе

Директива host больше не поддерживается Яндексом

При добавлении карты сайта (sitemap.xml) в вебмастер Яндекса будьте внимательны, прописав неверный адрес вы будете получать ошибки индексирования и само индексирование не начнется пока не будут исправлены ошибки в адресах. Тоже самое касается изменения файла robots.txt всегда смотрите чтобы адреса соответствовали настройке отображения в Панели управления сайтом